На 1 января 2001 года архив имел следующую структуру:
-руководство - директор Краснова А.Е.
-отдел информационных ресурсов во главе с Юхтановой А.Ю.
-отдел информационных систем и эксплуатации технических средств во главе с Кирюхиным А.С.

К концу 2004 года структура архива не изменилась, однако состав сотрудников значительно сократился.