В феврале 1919 года воспитанники Симбирской чувашской учительской семинарии Константин Арсеньев, Михаил Рожков и Семен Немцов обратились с заявпением в губернскую чрезвычайную следственную комиссию по борьбе с контрреволюцией. В нем они писали: "Сим заявляем, что бывший инспектор нашей семинарии Иван Яковлевич Яковлев, когда город Симбирск: был занят чехословацкими бандитами, неоднократно посещал ихние штабы армии и власти с целью сдать школьные здания под казармы белогвардейцев, и тем самым старался лишить возможности учиться детей беднейшего крестьянства....На торжествах белогвардейских банд повез индюшек и часто ездил на похороны белогвардейцев... Вообше он имел тесную связь с врагами народных масс, с белой властью... Ведет агитацию о падении Советской -власти и грозит нам выдачей белым. На основании вышеизложенного просим сегодня же его убрать из стен семинарии. Всякое промедление грозит Советской власти. Не место таким контрреволюционерам в советской школе".
Через неделю И.Яковлев был вызван на допрос в Симбирскую ЧК к следователю Лурье. Вот некоторые вопросы, на которые ему пришлось ответить.
- Посещали ли вы штаб белых во время их пребывания в Симбирске?
- Посетил с целью узнать, действительно ли займут они дом мой, что ими он был осмотрен без меня.
- Препятствовали вы в том, чтоб беднейший класс получил образование?
- Всячески содействовал, чтобы они получили образование, как мальчики и девочки.
- Угощали ли вы белых бандитов индюшками?
- Нет.
- Не внушали вы при белых своим ученикам, чтобы поступали в ряды белых?
- Нет.
- Не угрожали вы сочувствующим Совету, что при прибытии белых вы их выдадите?
- Нет.
- Говорили ли вы своей кухарке. Что в рядах Красной Армии разруха и что Петроград занят союзниками?
-Нет.
Затем Яковлева еще дважды вызывали в ЧК. 6 апреля он написал письмо в Москву старшему сыну Алексею Ивановичу, бывшему в то время профессором русской истории Московского университета. В письме говорилось: " Второй уже месяц я окончательно отстранен от должности и мне уже нет места в семинарии; Это, может быть, хорошо. Ведь конец мой приближается. Я отдан под чрезвычайный суд. Три раза был допрашиваем, но меня доселе не арестовали, и, кажется, не арестуют, так как вины или соответствующего повода не нашли. Я обвиняюсь в контрреволюционерстве. Всем этим я обязан отцам Дормидонтову и Никифорову (священникам семинарии, - ред.) и Степану Максимову, орудием которого были наши же воспитанники и новейшие чувашские деятели. Ты писал о том, чтобы быть тебе председателем совета семинарии (школы бывшей). Во первых, такая должность хотя и предполагалась по смете, выработанной на 1919 год, но не утверждена, и, во - вторых, я тебе не советую связываться с этой опозоренной семинарией. Благодаря отцу Дормидонту и мама отстранена от учебного дела. В последние дни я чувствую себя не хорошо. Давно не получаю известий от Коли, и от вас нет известий. P.S. Нужно заметить тебе, что я, как ты, совершенно не занимаюсь политикой."
21 апреля состоялся последний допрос И.Я.Яковлева в ЧК. Следователь С.Ляпидовский дал заключение:" В деле имеются только голословные факты, ничем материально не доказанные. Можно думать, что ученики чувашской семинарии подали на него (И.Я. Яковлева - ред.) заявление всего лишь с целью погубить его из-за личных счетов." 6 мая коллегия ЧК постановила: "За неимением фактических данных в предъявленном обвинении дело производством прекратить"...