Бюджет Фонда сбалансирован по доходам и расходам и составляет на 2018 год 13 781,5 млн. рублей, на 2019 год – 14 492,9 млн. рублей, на 2020 год – 15 070,4 млн. рублей. Увеличение бюджета по сравнению с предыдущим годом составляет в 2018 году 1 917,9 млн. рублей, или 16,2%, в 2019 году – 711,3 млн. рублей, или 5,2%, в 2020 году – 577,5 млн. рублей, или 4,0%.
Основным источником доходов бюджета Фонда является субвенция из бюджета Федерального фонда, которая прогнозируется на 2018 год в сумме 13 011,4 млн. рублей, на 2019 год – 13 685,5 млн. рублей, на 2020 год – 14 233,0 млн. рублей.
На оказание медицинской помощи жителям республики в 2018 году из бюджета Фонда будет направлено 12 958,1 млн. рублей. По сравнению с 2017 годом рост составит 1 832,3 млн. рублей. В 2019 году на эти цели планируется направить 13 632,4 млн. рублей, в 2020 году – 14 179,8 млн. рублей.
Ожидается увеличение доходов бюджета Фонда за счет средств, поступивших на оплату медицинской помощи, оказанной жителям других регионов.
Также в бюджете предусмотрены средства на организацию дополнительного профессионального образования медицинских работников по программам повышения квалификации, а также на приобретение и проведение ремонта медицинского оборудования за счет доходов от компенсации затрат государства 55,9 млн. рублей ежегодно.