Игнорирование советских законов о религии, собрания жителей по закрытию мечетей, незаконные репрессии в отношении священнослужителей привели к прекращению жизнедея-тельности всех мусульманских общин на территории Чувашии в 1941-1942 гг. По данным этих годов мусульманство было распространено в пяти районах: в 5 селениях Комсомольского района, в 2 селениях Козловского района, в 2 селениях Шемуршинского района, в 8 селениях Чкаловского района и 2 селениях Яльчикского района, всего в 19 населенных пунктах. Из сведений Уполномоченного Совета по делам религии и церкви при Совете Министров ЧАССР (институт уполномоченных по делам религии и церкви утвержден в 1943 г.) за 1944 г. в Чкалове (Шыгырданы) из 9 действующих мечетей не осталось ни одной, все они переоборудованы под разные общественные здания; в Татарских Сугутах из 3-х мечетей, одна разобрана и передана в с. Той-си, другая сломана, материал был использован на строительство хо-зяйственных объектов, осталось одно здание мечети, которое имеет прежний вид и ни под какие нужды не занято, в Н. Бикшиках из 3-х ме-четей одна передана под клуб, две другие под школу; в Кызыл-Чишме мечеть передана под школу; в Чеп-касах мечеть используется под клуб; в Татарских Тимяшах в здании ме-чети действует школа; в Долгом Ос-трове в обеих мечетях расположены школы (165 дд. 533, 533а, 169, дд. 2, 12, 14).
Можно согласиться с современными мнениями, что разрушение, изъятие и использование не по прямому назначению многочисленных мечетей в 30—40-е гг. нанесли ущерб не только религиозным организаци-ям, но и национальной культуре народов, исповедующих ислам. Одна-ко несмотря на все сложности этого периода, мусульмане в трудные годы Великой Отечественной войне остались верны своей Родине и делили радости и горе вместе со всем народом. В эти годы в городах и селах страны оживилась религиозная жизнь, открывались новые мечети, создавались религиозные объединения.
В 1943 г. состоялся I съезд мусульман Средней Азии и Казахстана, на котором было решено создать Духовное управление мусульман реги-она. В 1944 г. в городе •Буйнаксе Дагестанской АССР произошло со-брание верующих мусульман Дагестана и Северного Кавказа, на котором присутствовали также деле-гаты из Уфы и Ташкента. Решением собрания было образовано Духовное управление мусульман Северного Кавказа и Дагестана. С созданием в эти же годы в Баку Духовного управления мусульман Закавказья произошло распределение сфер влияния на всей территории Советского Союза между четырьмя централизованными мусульманскими организациями. Самая большая по территории часть страны была в ведении Духовного управления мусульман Европейской части СССР и Сибири в Уфе, а на местах создавались мухатсибаты.
В 1944 г. особым правительственным актом религиозным организа-циям было предоставлено право с разрешения государственных орга-
нов строить, арендовать или покупать необходимые для их нужд по-мещения, иметь специальные духовные школы, готовящие кадры свя-щеннослужителей, издавать религиозную литературу, в том числе и му-сульманскую: Коран, журналы. Принятые меры в годы войны оживили церковную жизнь и обеспечили некоторую стабилизацию религиозной ситуации. В Чувашии в феврале 1945 г. вновь была зарегистрирована и приступила к деятельности мусульманская община в селе Чкаловском (Шыгырданы) в здании сохранившейся мечети седьмого прихода (162, д. 2).
Однако из-за противодействий местных властей с 1946 г. открытию и регистрации новых мечетей многие из мусульман были лишены воз-можности нормально отправлять свои религиозные обряды, включая пятничные, праздничные и ежедневные моления. В результате почти в каждом из татарских сельских поселений Чувашии образовались местные мечети и молитвенные дома, замаскированные под общественные здания. Этими мечетями-молельнями руководили мало или односторонне обученные муллы. Так, по сообщениям 1946 г., существовали незарегистрированные группы верующих мусульман в Чкаловском районе: в Татарских Сугутах, Кзыл-Чишме мулла Хамидуллин проводил молитвенные собрания. Также отмечается проведение молитвенных собраний в Полевых Бикшиках, Татарских Шурутах (168, дд. 2, 3, 6, 8).
В 1946 г. уполномоченному по делам религии и церкви при Совете Министров ЧАССР поступило 11 заявлений от верующих мусульман с просьбой открыть приходы. В списке верующих, желающих оформить общины, колхозники, рабочие (все лица пожилого возраста). В 1948 г. в Казанском мухтасибате действовало 33 мечети, в Московском мухтасибате 8 мечетей, в их число входила и одна мечеть села Чкаловское (Шыгырданы) из Чувашии. В последующие годы до создания Духовного управления мусульман Чувашии (1994 г. ) мусульманские приходы подчинялись Зеленодольскому мухтасибату. Оживление деятельности мусульман было списано на районные и сельские партийные и советские организации и их работников. Им вменялось, что они на мусульманское движение смотрят безразлично, никакую работу по разоблачению реакционной сущности ислама не проводят, слабо организована лекционная пропаганда, а также плохо внедряются в быт советские обряды. На протяжении 1946—1950 гг. из вышестоящих партийных организаций на места шли указания о наблюдении за проведением праздников мусульманства ураза-байрам в районах проживания верующих мусульман-татар Чувашии (167, дд. 12,1 5, 16, 168, д. 10).
В 1955 — 1956 гг. вновь участились подачи заявлений об официальном признании и регистрации мусульманских групп в деревне Татарские Сугуты. Всего поступило заявлений из Чкаловского района от 5 групп, Комсомольского — от 4 групп, Шемуршинского — от 1 группы. В результате в 1956 г. было принято решение о регистрации общины мусульман в деревне Трехбалтаево, здание мечети постройки 1908 г. имело прежний вид, нуждалось в ремонте, усилием прихожан в этом же году был произведен ремонт и в мечети стали проводить молитвенные собрания (169, д. 11).
В какой-то мере нормальное развитие церковной жизни в конце 50-х — начале 60-х годов было омрачено известными волюнтаристскими действиями, в результате которых произошло значительное сокращение мечетей, религиозных объединений и учреждений в стране. В Чувашии фактически закрывать было нечего: продолжали официально действовать две мечети, но в связи с запретом на деятельность духовенства за пределами своей общины для совершения соответствующих обрядов стали приглашаться люди со стороны или преклонного возраста, зачастую в ряде сельских населенных пунктов мест проживания верующих татар совершать обряды было некому. Так же, как и в районах Поволжья, Урала и других местах традиционного распространения ислама, в Чувашии стали действовать в 60—80-е гг. так называемые "параллельные мечети". Их было несколько десятков, в том числе и в городах Канаш, Чебоксары, Шумерля. По сути это устройство небольшой мечети в жилом доме. В 1965 г. на уровне правительства страны был принят ряд мер, направленных на совершенствование правовых норм в области религиозных организаций, способствующих утверждению прав верующих и служителей культа. В результате этих мер в стране мусульманские общины, многочисленные по составу, имели право открывать мечети гласно и доступно. Однако в целом на местах в эти годы ситуация не изменилась: по-прежнему религиозные организации не обладали статусом юридического лица, их деятельность регламентировалась многочисленными инструкциями, поста-новлениями, которые были направлены на отчуждение их от общества.
В 60-е годы начинают набирать силу социологические исследования, способствующие выявлению религиозной ситуации. Они показывают, что уровень религиозности в среднем стал составлять 20-25 %, в сельской местности выше, чем в городской. Однако методика проведения социологических исследований была несовершенна, многие проблемы социально-экономических отношений, уровня жизни, национальных особенностей не учитывались. В официальной статистике утвердились такие цифры социологических исследований: в среднем по стране неверующие составляют 80 %, верующие — 8-10 %, остальные — колеблющиеся. От этих цифр отталкивались и социологи на местах, завышая или понижая в ту или иную сторону на 3—5%. В те годы, чтобы не испортить общую картину, отказывали религиозным организациям в регистрации религиозных объединений.
Такие исследования проводились и в Чувашии под руководством Куд-ряшова Г. Е. В его книге "Динамика полисинкритической религиозности" в перечне основных материалов конкретно-социологических исследований Чувашского опорного пункта Института научного атеизма АОН при ЦК КПСС упоминаются материалы конкретно-социологических исследований (КСИ) о состоянии и характере обыденной религиозности верующих — мусульман Батыревского района ЧАССР в 1968—1969 гг. Однако анализ данных, полученных в результате опроса верующих мусульман, в работе этого автора отсутствует. Результаты опросов татарского населения Чувашии по отношению к религии становились достоянием справок Чувашского обко-ма КПСС, на основе которых для руководства разрабатывались указания и постановления по преодолению религиозных предрассудков в сознании трудящихся масс.