Главное внимание в работе, направленной на предупреждение чрезвычайных ситуаций в 1999 году, было уделено решению проблем совершенствования, развития и повышения эффективности системы прогнозирования чрезвычайных ситуаций, декларирования безопасности и лицензирования потенциально опасной деятельности, созданию системы страхования рисков от различного вида чрезвычайных ситуаций, а также выработке других экономических механизмов, стимулирующих выполнение мероприятий по предупреждению чрезвычайных ситуаций и уменьшению их масштабов.
Наиболее значимыми результатами работы в этом направлении стали: создание нормативной правовой базы по реализации Федерального закона «О гражданской обороне», разработка нового Плана Гражданской обороны Российской Федерации; завершение разработки Федеральной целевой программы «Снижение рисков и смягчение последствий чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера в Российской Федерации до 2005 года» и ее утверждение постановлением Правительства Российской Федерации от 29 сентября 1999 г.; утверждение концептуальных основ организации и проведения подводных работ особого назначения, предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций на акваториях, создание Центра аварийно-спасательных и экологических операций; создание Всероссийского центра мониторинга и прогнозирования чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера МЧС России с одновременным проведением работ по обеспечению доступа к прогностической информации потребителей через развитие периферийных структур и коммуникаций АИУС РСЧС; сформирование Сибирского регионального центра ГОЧС на базе Восточно-Сибирского и Забайкальского региональных центров; создание в 45 субъектах Российской Федерации аварийно-спасательных формирований за счет местных бюджетов; создание в подмосковном Жуковском аэродрома совместного базирования для авиации МЧС России.
В целях повышения результативности работы комиссий по чрезвычайным ситуациям всех уровней и органов управления ГОЧС особое внимание было уделено обучению руководящего состава подсистем и звеньев РСЧС методам управления в кризисных ситуациях. В этих целях была проведена серия учений. В марте под руководством Министра С.К. Шойгу состоялось крупномасштабное специальное учение по теме «Действия органов управления территориальной подсистемы РСЧС при угрозе затопления населенных пунктов», имевшее целью детальную отработку мер по пропуску весенних паводковых вод и предупреждению наводнений, вызванных заторами, на примере действий территориальной подсистемы РСЧС Вологодской области.
Принятые меры способствовали повышению организованности в работе по предупреждению опасных проявлений весеннего паводка и в борьбе с пожарами в лесах в условиях жаркой и сухой погоды лета 1999 года. В результате, при увеличении общего количества пожаров в лесах на территории Российской Федерации выгоревшая площадь лесов уменьшилась по сравнению с 1998 годом в несколько раз. Существенно сократилось число чрезвычайных ситуаций при паводках и размер причиненного ими ущерба.
Высокой организованности и большого напряжения сил подсистем и звеньев РСЧС потребовали аварийно-спасательные работы, проводившиеся на территории Республики Дагестан, пострадавшей от землетрясения, а также в Республике Татарстан, Краснодарском и Хабаровском краях, Ленинградской, Магаданской и Сахалинской областях при ликвидации последствий штормового ветра, в Архангельской, Иркутской, Новгородской и в ряде других субъектов Российской Федерации – в период наводнений и лесных пожаров.
Самыми драматическими явились чрезвычайные ситуации, вызванные террористическими актами – взрывами жилых домов в сентябре 1999 года в городах Буйнакске, Москве и Волгодонске, унесшими жизни около 300 человек. В ликвидации последствий этих терактов приняли активное участие силы МЧС России. После этих событий участие в предотвращении и ликвидации последствий актов терроризма на объектах социального и производственного назначения стало одной из приоритетных задач МЧС России и РСЧС.