В 1993 году была развернута работа по совершенствованию органов управления. В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 8 мая 1993 года «О гражданской обороне» штабы гражданской обороны всех уровней были преобразованы в штабы по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям (штабы ГОЧС). На них официально были возложены задачи по защите населения и территорий при чрезвычайных ситуациях мирного времени.
Одновременно принимались меры по созданию и развертыванию работы координирующих органов по отдельным направлениям борьбы с чрезвычайными ситуациями. Постановлениями Правительства Российской Федерации были созданы межведомственные комиссии, возглавляемые Председателем ГКЧС России: по аттестации аварийно-спасательных формирований и образовательных учреждений по их подготовке; противопаводковая; по борьбе с лесными пожарами; по предотвращению и ликвидации чрезвычайных ситуаций на водных бассейнах.
Больше внимание в этот период уделялось проблемам мониторинга и прогнозирования чрезвычайных ситуаций различного характера. По представлению ГКЧС России постановлением Правительства Российской Федерации от 11 мая 1993 года была создана Федеральная система сейсмологических наблюдений и прогноза землетрясений.
В октябре 1993 года ГКЧС совместно с Минздравом и Минприроды России, другими заинтересованными федеральными министерствами было утверждено новое положение о сети наблюдения и лабораторного контроля гражданской обороны Российской Федерации, которая была признана составной частью РСЧС и стала выполнять задачи по радиационной, химической и биологической (бактериологической) защите населения при чрезвычайных ситуациях мирного времени.
В первом полугодии 1993 года произошел ряд крупных чрезвычайных ситуаций. 6 апреля на радиохимическом заводе Сибирского химкомбината (Томск-7) в результате производственной аварии произошел выброс в окружающую среду радиоактивных веществ. Специалисты ГКЧС России сумели правильно организовать работу по защите населения и дезактивации загрязненной территории.
14 апреля 1993 года в результате крупного пожара на долгое время был выведен из строя завод двигателей АО «КамАЗ» в г. Набережные Челны. Силы и средства ГКЧС России приняли активное участие в ликвидации этой чрезвычайной ситуации. Руководил работами Председатель ГКЧС России С.К. Шойгу.
Весной 1993 года наводнения, сопровождавшиеся значительным материальным ущербом, имели место практически во всех регионах Российской Федерации. Наиболее крупные из них произошли в Республике Бурятия, Алтайском крае и Свердловской области.
Вблизи города Серов Свердловской области 14 июня вследствие обильных ливневых дождей, наложившихся на заключительную фазу весеннего половодья, произошел прорыв плотины Киселевского водохранилища, что привело к затоплению значительных территорий города и прилегающих к нему поселков. В результате бедствия в зону затопления попало 1 772 дома, были разрушены железнодорожный и 5 автомобильных мостов, размыто 500 м главного железнодорожного пути, пострадали металлургический завод и завод ферросплавов, 15 других предприятий. В результате наводнения пострадало 6,5 тыс. человек, 15 человек погибло. Общий материальный ущерб составил 63,3 млрд. руб.
Уменьшить потери удалось за счет правильных и своевременных действий специалистов РСЧС, которые сумели эвакуировать почти 4 тысячи человек. Активное участие в ликвидации последствий этого наводнения приняли Г.В. Филатов и В.И. Мельников.
1993 год стал годом рождения авиации ГКЧС России – важной составляющей его сил. Были закуплены первые два транспортных самолета Ил-76ТД, которые в течение года доставили в регионы страны (Ингушетия, Северная Осетия, Магадан) и зарубежные государства (Киргизия, Грузия, Армения, Албания, Куба) 450 тонн гуманитарных грузов.
В целом 1993 год стал годом дальнейшего становления и совершенствования ГКЧС России, органов управления и сил Госкомитета, системы защиты населения и территорий от чрезвычайных ситуаций различного характера. Он завершил первый этап создания и становления будущей системы МЧС России.