5 октября 2016 года опубликован очередной перечень лучших 500 школ России. По итогам 2015/2016 учебного года в него вошли девять школ Чувашкой Республики, шесть из которых представляют муниципальную систему образования города Чебоксары.

Глава администрации города Чебоксары Алексей Ладыков определил развитие муниципаьной системы образования в качестве приоритетного направления работы органов местного самоуправления. В течение последних лет общеобразовательные школы города успешно завоёвывают и сохраняют позиции в различных всероссийских индексах, которые отражают их достижения в образовательной деятельности.

По итогам 2015/2016 года город Чебоксары в перечне лучших школ России представляют МАОУ «Гимназия № 5», МАОУ «Лицей № 3», МАОУ «Лицей № 4», МБОУ «Гимназия № 2», МБОУ «Лицей № 2» и МБОУ «Лицей № 44» (в алфавитном опорядке). Столице Чувашии удалось сохранить представительство на прежнем уровне - по итогам 2014/2015 учебного года в топ-500 входили семь общеобразовательных школ города.

Одновременно опубликован и перечень 200 общеобразовательных организаций, обеспечивающих высокие возможности развития способностей учащихся. В него вошли три общеобразовательные организации города Чебоксары: МАОУ «Гимназия № 5», МАОУ «Лицей № 3», МБОУ «Лицей № 44». 

Во всех десяти перечнях лучших школ России по отдельным профилям подготовки присутствуют школы города Чебоксары (в каждый список входят сто лучших школ России по определённому профилю, места распределяются только для первых десяти). В основу составления этих перечней легли результаты ОГЭ и Всероссийской олимпиады по предметам конкретного профиля. Следует отметить участие в отраслевых перечнях и тех школ, которые не вошли в интегральный топ-500. Распределение школ столицы Чувашии по профильным спискам таково (в алфавитном порядке):

Биолого-географический профиль - МБОУ «Лицей № 44»;
Индустриально-технологический профиль - МАОУ «Лицей № 3», МБОУ «СОШ № 2»;
Математический профиль - МАОУ «Лицей № 3»;
Оборонно-спортивный профиль - МБОУ «СОШ № 20», МБОУ «СОШ № 29»;
Социально-гуманитарный профиль -  МАОУ «Гимназия № 5», МАОУ «Лицей № 3»,  МБОУ «Лицей № 44»;
Социально-экономический профиль - МАОУ «Гимназия № 5», МБОУ «Лицей № 44»;
Химико-биологический профиль - МБОУ «Лицей № 2», МБОУ «Лицей № 44»;
Физико-химический профиль - МАОУ «Лицей № 3», МАОУ «Лицей № 4», МБОУ «Гимназия №2»;
Физико-математический профиль - МАОУ «Лицей № 3», МАОУ «Лицей № 4»;
Филологический профиль - МАОУ «Гимназия № 5».

Также, согласно ранее опубликованным данным рейтингового агентства RAEX (Эксперт РА), две школы города Чебоксары входят в топ-200 школ России по итогам приёма в ведущие вузы страны в 2014 и 2015 годах.

Перечень 500 лучших общеобразовательных организаций России составлен Московским центром непрерывного математического образования при информационной поддержке «Социального навигатора» МИА «Россия сегодня» и «Учительской газеты» при содействии Министерства образования и науки Российской Федерации. По заявлению составителей, перечень предоставляет оценку вклада общеобразовательной организации в решение одной из основных задач системы образования – предоставление обучающимся возможности получения качественного образования и развития их способностей. При составлении рейтинга использованы такие показатели, как результаты итоговой государственной аттестации в форме основного государственного экзамена, участие школ во Всероссийской олимпиаде школьников, участие во всероссийских проверочных работах и др. Как и в 2015 году, результаты Единого государственного экзамена при составлении перечня не использовались.

С распределением мест рейтингуются 25 лучших образовательных организаций перечня, остальные 475 участников упорядочены в виде списка в алфавитном порядке, без присвоения мест.