27 апреля 1990 года приказом Генерального прокурора СССР Александра Яковлевича Сухарева была создана первая в России специализированная природоохранная прокуратура с дислокацией в городе Калинине (сейчас Тверь).

Чебоксарская межрайонная природоохранная прокуратура образована в составе Волжской прокуратуры 5 октября 1990 года приказом прокуратуры СССР № 647 с обслуживанием участка акватории р. Волга на территории Марийской АССР и Чувашской АССР с дислокацией в
г. Чебоксары.

С момента своего образования в 1990 году Чебоксарская межрайонная природоохранная прокуратура встала на защиту экологических прав граждан. После аварии в Чувашии в 1996 году на станции Мыслец, когда взорвались вагоны с фенолом и было загрязнено 5 га земли, тысячи жителей этой земли получили сильнейшие отравления. По горячим следам прокуратурой в защиту граждан, пострадавших в этой аварии, было предъявлено 356 исков. По иску межрайпрокуратуры решением суда на ОАО «Российские железные дороги» возложена обязанность по ликвидации последствий аварии, очистке земли и водного объекта. Последствия серьезной экологическойкатастрофы в поселке Мыслец полностью ликвидированы только в 2014 г., на что затрачено более 30 млн. руб. Результаты исследований зоны Мыслецкой железнодорожной аварии свидетельствуют, что содержание нефтепродуктов и фенолов в поверхностных водных объектах не превышает нормативных требований.

Деятельность Чебоксарской межрайонной природоохранной прокуратуры оказывает значительное влияние на улучшение экологической ситуации в республике. Активные действия прокуратуры способствуют проведению органами региональной власти политики экологической безопасности. За пять последних лет на мероприятия в сфере охраны окружающей среды и природопользования выделено более 3 миллиардов рублей.

В городе Чебоксары по иску природоохранного прокурора реализован уникальный проект - построен комплекс сооружений по обработке осадка, стоимостью более 250 миллионов рублей, который позволил столице Чувашии в числе первых городов Поволжья прекратить сброс промывных вод и решил проблему утилизации осадка путем внедрения новейших технологий.

В результате системной работы Чебоксарской межрайпрокуратуры в вопросе обустройства и содержания сибиреязвенных скотомогильников, по количеству которых Чувашия занимала лидирующие позиции в Поволжье,  органами власти республики приняты дополнительные меры, повлекшие снятие с учета более 300 скотомогильников, из республиканского бюджета выделено более 10 миллионов рублей, на стадии завершения работы по межеванию и постановке сибиреязвенных скотомогильников на кадастровый учет, их обустройству.