В Алатыре ведется целенаправленная работа по созданию условий для сохранения и укрепления здоровья детей. В 2012 году в школы города поступило  спортивное оборудование на сумму свыше 1 миллиона  900 тысяч рублей. Развитие системы физической подготовки школьников осуществляется через увеличение количества часов, отводимых на занятия физической культурой, организацию межшкольных физкультурно-спортивных и оздоровительных мероприятий. Третий час физической культуры в форме уроков плавания проводится на базе физкультурно-спортивного комплекса для 1300 школьников.

В ежегодном Послании Главы Чувашской Республики Михаила Игнатьева Государственному Совету Чувашии отмечено: «Приучать человека к активному, здоровому образу жизни нужно с молодых лет. Поставлена задача – привлечь в течение трех лет к занятиям спортом каждого второго ребенка школьного возраста». И в этом плане результативно решают вопросы оздоровления детей физкультурно-спортивный комплекс, детско-юношеская спортивная школа №1. В 2012-2013 учебном году здесь открыто 83 спортивно-оздоровительные, учебно-тренировочные группы, группы высшего спортивного мастерства с охватом 1178 учащихся.

Совершенствуется медицинское обслуживание школьников. В прошлом году закуплено медицинское оборудование, открыты прививочные кабинеты. Улучшается материально-техническая база школьных столовых. В прошлом году за счет средств республиканского бюджета получено оборудование для школьных столовых на сумму 1 млн.142 тыс. 581 рублей, из местного бюджета на эти цели выделено 120 тыс. рублей. Повышается качество школьного питания. В 2012 – 2013 учебном  году 96,4% школьников охвачено горячим питанием.