Становление инновационной экономики, без сомнения, способствует  развитию современного востребованного обществом качества образования. Новая структура стандарта общего образования призвана обеспечить расширение спектра индивидуальных образовательных возможностей и траекторий для учащихся на основе профильного обучения и предпрофильной подготовки школьников.

 В соответствии с городской Программой сетевого взаимодействия общеобразовательных учреждений  Алатыря по организации профильного обучения на 2008-2010 годы действуют профильные классы в гимназии №6,  школах №3, №7.  Профильное обучение осуществляется через реализацию задач гуманитарного, социально-экономического, естественно-научного и информационно-технологического профилей. Кроме того, школа  №2 сотрудничает с профессиональным училищем №3, реализуя учебный план технологического профиля. Учащиеся 10 – 11 классов общеобразовательных учреждений №3, №11 через интеграцию с сельскохозяйственным техникумом обучаются специальности «Правоведение», «Программирование». Кроме этого, учащиеся старших классов, ориентированные на конкретную профилизацию, посещают различные курсы, организованные в Алатырском филиале Чувашского государственного университета  и средне-специальных учебных заведений города.

  В 2007-2008 учебном году профильным обучением и курсовой подготовкой в общеобразовательных учреждениях Алатыря охвачено  79,4% учащихся 10 -11 классов (в 2006-2007 учебном году -  59%).