В общеобразовательных учреждениях образования города Алатыря расширяется спектр индивидуальных возможностей для учащихся на основе профильного обучения. Этот процесс осуществляется через сетевое взаимодействие школ, интеграцию их с учреждениями начального, среднего и высшего профессионального образования.

      Так, в школах №3,5,7,9, гимназии №6 действуют социально-гуманитарный, социально-экономический, естественнонаучный, информационно-технологический и естественно-информационный профили. Кроме того, школа №2 сотрудничает с профессиональным училищем №3, реализуя учебный план технологического профиля. Учащиеся 10 класса школы №11 через интеграцию с Алатырским сельскохозяйственным техникумом получают образование в рамках информационно-технологического профиля.

      Используются и элементы дистанционного профильного обучения. Так, школа №3  взаимодействует с Томским государственным университетом,  школой №11 с открытым лицеем при МГУ им. М.В.Ломоносова.  В 2009-2010 учебном году в Алатыре  охват старшеклассников профильным образованием составляет 79,4%.