Однопрестольный  храм Иверской иконы Божией Матери был  выстроен в 1846 - 1847 годах на средства Удельного Ведомства (государственное ведомство, управлявшее крестьянами, принадлежащими царской династии). Строительство храма было связано с созданием в Алатыре первого женского «хозяйственного училища для крестьянских дочерей». Училище было открыто 1 мая 1845 года, вначале там обучалось 20 девиц, через некоторое время их насчитывалось уже 36. Для воспитанниц образцового женского училища и была построена  «Иверская Богородичная» (так она называлась в старых документах) церковь.

Под училище с церковью Алатырский городничий выделил 4 800 квадратных сажень земли. На этой земле было выстроено несколько зданий, из которых в главном помещалась церковь, рабочая и классная комната. В других зданиях находились спальни воспитанниц, их столовая и квартиры служащих. Кроме того, имелись многочисленные подсобные помещения: большой коровник, свиной хлев, овчарня, птичник и погреб. При училище имелось два больших огорода и сад. Позднее прибавились еще образцовые избы, в которых поселялись на год и более по 5-6 воспитанниц, обязанных вести там самостоятельное хозяйство. 
Училище просуществовало до 60-х годов девятнадцатого века. Церковь же продолжила свое существование  и далее.

Архитектор храма в имеющихся скудных документах не назван, но можно предположить, что им был Василий Панфилович Абакумов (родился в 1813 г. - умер после 1877 г.), архитектор Алатырской удельной конторы, которой принадлежало училище с церковью. Василий Панфилович окончил Императорскую Академию Художеств в Санкт-Петербурге по классу архитектора К.А.Тона (автора проекта знаменитого храма Христа-Спасителя в Москве) в 1837 году, получив звание свободного художника за представленный проект сельской церкви на 500 человек. С 1841 года по 1861 год он служил в качестве архитектора сначала в Симбирской, а затем в Алатырской удельной конторе, которая в 1846-1847 году и построила женское училище с храмом. 
Церковь Иверской иконы Божией Матери была закрыта в 1929 году. Впоследствии здание храма использовалось под нужды больницы. В 70-е и 80-е годы ХХ века здесь располагалась станция переливания крови и красный уголок больницы. 
Храм был возвращен Русской Православной Церкви в 2003 году. Инициатором и организатором восстановления храма был игумен (ныне архимандрит) Василий (Паскье).

16 января 2005 года храм был вновь освящен Митрополитом Чебоксарским и Чувашским Варнавой. 

По материалам сайта Чебоксарско-Чувашской епархии