Одним из общедоступных критериев самостоятельной оценки рисков для налогоплательщиков, утвержденных приказом ФНС России от 30.05.2007 г. №  ММ-3-06/333 «Об утверждении концепции системы планирования выездных налоговых проверок», является критерий №5 «Выплата среднемесячной заработной платы на одного работника ниже среднего уровня по виду экономической деятельности в субъекте Российской Федерации».  В соответствии с приказом  ФНС России от 10.05.2012 № ММВ-7-2/297@ данный критерий дополнен новым абзацем.

Согласно данной поправке, при выборе объектов для проведения выездных налоговых проверок учитывается информация, поступающая от граждан, юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, правоохранительных и иных контролирующих органов о выплате налогоплательщиком заработной платы «в конвертах», отсутствии оформления (или оформлении с нарушением установленного порядка) трудовых отношений, а также другую подобную информацию.

Сигнал о том, что в организации выплачивается  заработная плата «в конвертах», как правило, свидетельствует не только о неуплате налога на доходы физических лиц, но и о занижении налоговой базы по НДС, налогу на прибыль организаций, единому налогу, уплачиваемому при применении упрощенной системы налогообложения, иным налогам. Ведь источником выплаты такой «серой» зарплаты являются, как правило, неучтенные денежные средства, не отраженные в налоговой базе.

Поэтому при прямом или косвенном подтверждении поступившей информации и наличии соответствующих доказательств налоговый орган будет предлагать налогоплательщику добровольно уточнить налоговые обязательства и доплатить неуплаченные налоги в бюджет без применения штрафных санкций. При отказе это сделать,  примет решение о проведении мероприятий налогового контроля, включая организацию выездной налоговой проверки, в том числе совместно с органами внутренних дел.