Чтобы эффективно подготовить животноводческие здания к зимнему стойловому периоду, по возможности весь скот выводят в летний период за территорию фермы. В это время делают текущий ремонт или реконструкцию помеще­ний, при необходимости санитарный ремонт, при­водят в надлежащее техническое состояние средства обес­печения микроклимата.

Также, перед возвращением животных в стойла необходимо провести значительные объемы ветеринарно-санитарных работ: дезинфекция, дератизация, побелка.

Ежегодно дезинфекции подвергается более 4 тыс. животноводческих помещений, это площадь более 8 миллионов квадратных метров.

Дезинфекция проводится не только с целью уничтожения возбудителей инфекционных болезней, но и для снижения уровня обсемененности внешней среды условно патогенной микрофлорой, которая, накапливаясь в больших количествах, может вызвать заболевание животных и птиц, а также снизить их продуктивность. Дезинфекцию хозяйства проводят как собственными силами, так и по договорам с районными и городскими ветеринарными станциями. В районах республики имеется 28 единиц дезинфекционных установок Комарова (ДУК).

При подготовке помещений особое внимание уделяется дератизации – борьбе с грызунами, которые поедают и портят большое количество кормов, а также являются переносчиками возбудителей опасных заболеваний, что наносит большой экономический ущерб хозяйствам. Для борьбы с грызунами применяют различные отравляющие приманки, раскладываемые в местах их расселения и передвижения, а также создаются условия, при которых они лишены возможности находить убежище и пищу, необходимые для их существования и размножения.

Обязательным условием обеспечения чистоты в помещениях и прилегающих территорий является дезинсекция - проведение профилактических и истребительных мероприятий против кровососущих и жалящих насекомых. Насекомые также являются переносчиками опасных заболеваний животных. Кроме этого большое количество насекомых вызывает беспокойство животных, что приводит к снижению продуктивности. Дезинсекцию проводят путем опрыскивания поверхностей внутренних, наружных стен помещения и поверхностей, прилегающих к навозоприёмной площадке растворами инсектицидных препаратов.

За 6 месяцев текущего года в Чувашской Республике подвергнуто дезинфекции 1429 животноводческих объектов с общей площадью 3732,1 тыс. м², в том числе в рамках оздоровления неблагополучных пунктов, проведена вынужденная дезинфекция в очагах неблагополучия по инфекционным заболеваниям, всего обработано 70 объектов общей площадью 29,8 тыс. м².  Дератизация проведена на 894 объектах площадью 893,6 тыс. м². Дезинсекция проведена на 360 объектах площадью 474,1 тыс. м².